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助力复旦大学肿瘤医院CircRNA在癌症组织中研究发表Nature文章 时间:2016-04-22
复旦大学附属肿瘤医院依托烈冰科技云平台NovelBrain,从多种健康组织和癌症组织中鉴定出大量环状RNA,并对其中的circHIPK3进行了深入的研究,以详实的分析与实验证明了circHIPK3可能的miRNA sponge功能。题为《Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs》的研究成果在线发表于权威期刊《Nature Communications》。


值得一提的是,这篇文章的数据分析是在烈冰生信团队精心打造出的NovelBrain云计算平台上完成的。这也是烈冰NovelBrain云计算平台从幕后走到台前,第一次出现在权威知名期刊,正式地为卓越的研究工作提供坚实的技术支撑,迈出了具有里程碑意义的第一步。

文章的整体思路:



NovelBrain生物信息云平台实现了高通量测序数据分析的流程化、自动化。文章数据分析基于平台中circRNA分析流程。RNA-seq的序列共鉴定出27296条circRNA,通过与数据库中已有的circRNA比对,研究者注释了8225条新circRNA。并通过qPCR、RNA-FISH、northern blot、sanger测序等实验手段验证了circRNA确实是存在的。然后通过Luciferase分析和miRNApull down实验以及对circHIPK3的过表达和knock down之后circHIPK3、其host基因HIPK3以及miR-124的表达量变化,验证了circHIPK3通过结合miR-124发挥miRNA sponge的功能。

文章链接:
/news_more.asp?id=411

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