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空间转录组样本不合格?细节决定成败,烈冰送您最详细的空转样本准备指南

时间:2020-06-05    |    阅读量:618

上一期小编推出烈冰生物关键技术——冷冻切片制备之后,很多老师都表示很感兴趣,销售部同事订单直线增加。小编整理售前答疑的过程中,发现有老师们对样本准备阶段有很多疑问。那么,本期小编就来详细先容一下空间转录组(Spatial Transcriptome)样本制备过程的具体问题,提供详细的样本准备指南,助力每一份珍贵的样本都能顺利进行空间转录组实验。

烈冰可接受样本类别:冻存组织,OCT包埋组织。如果样本充足,最好准备2份及以上,一份用于RNA质控和后续的正式切片实验;一份留作备用;如果组织样本珍贵稀缺,可以酌情减少样本数量。


大家请到了烈冰实验团队大神Dr.Han亲自上手,针对小鼠的不同组织进行实验,不断对样本制备操作步骤进行优化, 为老师们实际操作排雷填坑。



  • 空间转录组visium捕获芯片的限制(6.5mmX6.5mm),选择样本前,应先确认好最佳取材位置以及合理组织大小,保证visium芯片的有效利用率。

  • 新鲜组织样本取下后迅速用预冷的PBS溶液或者生理盐水冲洗组织表面残留,然后用干净的吸水纸吸干液体。(此步骤一定要吸干水分,如有液体残留,OCT包埋后,组织表面形成冰晶,影响切片效果)

  • 整个样本处理过程需要保持低温环境(干冰/液氮)

  • 先将装异戊烷的容器放置液氮中预冷15分钟,同时将所有过程中的采集器具进行预冷。

  • 用预冷的样本匙将新鲜组织浸没在异戊烷中.速冻1min或直至组织完全冷冻。

  • 采用异戊烷而不是液氮的原因是液氮的沸点低,组织直接放入液氮后会沸腾,在组织周围产生气穴,导致组织降温过程中不同区域降温不同,改变组织内部形态甚至碎裂,影响组织形态。因此该步骤一定要用异戊烷进行冻存,如果没有异戊烷,可以跳过该步骤,直接将新鲜组织进行OCT包埋后速冻。

  • 将OCT放在冰上进行预冷,包埋模具做好标记,以确认组织方向;
  • 在包埋模具中加入一层OCT包埋剂,然后用预冷的镊子迅速将组织放入;

  • 用OCT覆盖组织,使之完全包埋住。确认组织周围没有气泡;马上将其放在干冰上,直至OCT完全冻结。该步骤要保证最终组织周围无气泡产生,气泡的产生会在OCT冷却后在组织周围形成空洞,影响切片效果。



  • 切片厚度一般设定为10μm,但是根据不同的组织类型,切片厚度也会有所调整。例如脂肪含量较高的乳腺组织可能需要更厚的切片。

  • 切片温度一般设定为箱体温度:-20℃,样本头温度:-10℃。不同的组织类型,样品头温度会有所调整,以保证切片的光滑完整性。

  • 切片之前需要将质检合格的冷冻组织和玻片先放入-20℃冷冻切片机箱体中平衡30分钟以上

  • 烈冰针对不同的组织类型,进行了不同切片厚度、切片温度的尝试与探索,优化出一系列可调整参数。整个切片过程烈冰实验团队会与老师保持密切沟通进行沟通,以保证获取高质量的冷冻切片。


质控I:RIN值检测,RIN值>7进行后续实验,保证组织的RNA完整。

  • 如果送样充足,可以针对组织块进行RNA抽提检验;

  • 如果样本珍贵,也可以在正式冷冻切片前切取一定量的切片进行RNA抽提检测。

  • 为了最大程度减少样本的损失,并保证实验的有效性,烈冰实验团队针对小鼠不同组织,根据组织大小、切片厚度,对20张切片的RNA总量进行统计,对正式实验中质控所需的切片数量起到参考作用,避免造成浪费。

质控II:HE染色成像,保证冷冻切片的空间结构的完整性。前期样本准备实验操作失误会严重影响冷冻切片的空间组织形态。

  • 新鲜组织样本如果表面液体没有吸干,直接进行冻存切片会在组织周围产生冰晶增加组织脆性,不易切片成功,或者HE染色成像后出现条状裂纹

  • OCT包埋如果不注意处理气泡,切片时会出现空洞现象,造成切片不连续,影响切片质量

  • 冷冻切片时必须保证切片无褶皱、光滑平整,组织无折叠、卷曲


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